Les commissaires stagiaires suivent une formation qui tient compte de leur cursus professionnel et universitaire antérieur. Cette formation doit leur permettre de parfaire ou d'acquérir :
1° Les qualités inhérentes à l'état d'officier ;
2° La connaissance de la force armée ou de la formation rattachée (« ancrage ») dans laquelle ils ont vocation à servir à l'issue de leur formation ;
3° Les compétences d'administrateur et d'expert dans les domaines du soutien et du fonctionnement administratif, financier, juridique et logistique des formations administratives du ministère de la défense.
La durée maximale de cette formation est d'une année, sauf prolongation pour des raisons de santé ou en cas de résultats insuffisants.

Les commissaires stagiaires bénéficient, avant le début de leur formation, d'un entretien individuel conduit sous la responsabilité de la direction centrale du service du commissariat des armées. Cet entretien vise à adapter leur formation à leur cursus antérieur et aux premières affectations envisagées.
En fonction des besoins de formation identifiés, le cycle de formation peut comprendre des enseignements, des études personnelles ou des stages dans des domaines tels que la comptabilité, les finances publiques, la logistique, les achats publics, l'audit et le contrôle de gestion, le droit, l'organisation et les ressources humaines.
Les commissaires stagiaires recrutés parmi les fonctionnaires et les agents contractuels du ministère de la défense bénéficient, en outre, d'une formation humaine et militaire d'officier.

Chaque commissaire stagiaire reçoit notification d'un programme de formation, arrêté par la direction centrale du service du commissariat des armées. Il précise les objectifs, le contenu, les modalités de la formation et des éventuelles évaluations la sanctionnant.