L'admission des élèves commissaires et des commissaires stagiaires n'est définitive qu'après vérification de l'aptitude médicale permettant de suivre la scolarité ou la formation. Il en est de même de l'affectation, dans le corps des commissaires des armées, des élèves inscrits au tableau de sortie de l'Ecole polytechnique.
Le bénéfice de l'admission ou de l'affectation ne peut, sauf dérogation particulière du directeur central du service du commissariat des armées, être reporté à une année ultérieure.

Une instruction fixe la composition du conseil de la formation de l'Ecole des commissaires des armées.
Ce conseil de la formation se réunit au moins une fois par an. Il est consulté sur le contenu du programme général d'enseignement, le déroulement des formations et les méthodes pédagogiques utilisées. Il propose les évolutions de la scolarité qui lui paraissent nécessaires. Il s'assure de l'adéquation entre la formation dispensée et les fonctions exercées au sein des forces armées, directions et services du ministère de la défense à l'issue de la formation initiale.
Une décision annuelle portant programme général d'enseignement, signée du directeur central du service du commissariat des armées à l'issue du conseil de la formation, décrit les disciplines et activités programmées, les conditions d'organisation des examens ainsi que les coefficients afférents à chaque unité d'enseignement.
Le programme des formations réalisées au sein des organismes relevant des armées, directions et services est également fixé par le programme général d'enseignement, en accord avec le directeur des ressources humaines de chaque armée, direction et service.