Le secrétariat de la commission est assuré par le service de la direction de la mer dans le ressort duquel est situé le siège de la commission. Un procès-verbal est établi à chaque séance. Le procès-verbal est signé du président et des membres de la commission. Il est conservé en archives au siège de la commission. Des copies sont établies et adressées aux directeurs de la mer intéressés ainsi qu'au président du comité régional de la conchyliculture lorsque les dossiers traités concernent cette activité. En l'absence de comité régional de la conchyliculture, ces copies sont adressées aux organisations professionnelles agréées par le préfet. Le directeur de la mer transmettra un exemplaire de ces procès-verbaux à la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture.