Le préfet de région saisit le groupe régional d'expertise « nitrates » par une lettre de mission précisant la question sur laquelle l'expertise du groupe est sollicitée.
Les représentants des services régionaux de l'Etat organisent le travail du groupe afin de préparer la réponse à la question dont il a été saisi. Ils en assurent aussi le secrétariat.
Le groupe remet son expertise sous forme écrite en présentant les travaux réalisés, les conclusions auxquelles le groupe est parvenu et, le cas échéant, les points de divergence persistants. Ce document est rendu public.