Le conseil scientifique est constitué de vingt à vingt-cinq personnalités scientifiques choisies en raison de leurs compétences et désignées à titre personnel par le directeur général de l'Institut, après consultation du conseil d'administration.
Ces personnalités sont représentatives :

- d'établissements d'enseignement supérieur et de recherche ;
- d'organismes publics d'expertise et de recherche ;
- d'entreprises et acteurs privés.

Au moins trois personnalités sont choisies pour l'expérience internationale qu'elles apportent du fait de leur organisme d'appartenance ou de leur parcours professionnel.
Parmi ces personnalités, des membres référents peuvent être désignés par le président du conseil scientifique afin de suivre plus particulièrement une thématique ou le domaine d'activité d'un axe de recherche.