Le paiement aux bénéficiaires des aides à la mobilité internationale est confié aux directeurs des établissements d'enseignement supérieur et se fait en un seul versement.
Le directeur d'établissement met en place un contrôle interne de ce dispositif. En cas de manquement constaté aux conditions d'éligibilité et de sélection, le directeur de l'établissement doit procéder au recouvrement de la somme versée auprès de l'étudiant ou de l'apprenti.