Les sections du contrôle général économique et financier sont au nombre de deux.
Dans les limites de compétence du contrôle général économique et financier, elles conduisent des études et travaux transversaux dans les domaines énumérés ci-après :

- la première section traite des sujets relatifs à la gestion et à la performance des organismes publics ;
- la deuxième section traite des thématiques liées à la transformation et à l'accompagnement des organismes publics.