La sous-direction des affaires générales et de la qualité :
1. Anime le fonctionnement d'ensemble de la direction et les relations avec les autres directions ;
2. Assure le contrôle de gestion de la direction, conduit et prépare les décisions du ressort de la direction en matière de budget, de contrôle interne, de qualité et d'organisation interne ;
3. Valide les actions de qualité interne et de contrôle interne du ressort de la direction et en coordonne la réalisation ;
4. Coordonne les actions de la direction sur les questions relatives à la santé et à la sécurité au travail ainsi que sur les questions de sécurité de défense et de sécurité des systèmes d'information ;
5. Coordonne les activités de soutien pour l'ensemble des composantes de la direction.

La sous-direction des affaires générales et de la qualité comprend trois bureaux :
1. Le bureau de la gestion et de l'organisation ;
2. (abrogé)
3. Le bureau de la sécurité ;
4. Le bureau du soutien.