Les dispositions du présent arrêté relatives aux sous-domaines « conservation des oiseaux sauvages, des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages » et « protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles » ne sont pas applicables aux départements d'outre-mer.
Les dispositions du présent arrêté relatives aux sous-ensembles « pratiques de fertilisation » et « pratiques d'utilisation des produits phytosanitaires » ne sont pas applicables à la Corse et aux départements d'outre-mer.