La garantie donne lieu au paiement d'une commission variable en fonction des risques encourus par l'Etat. Le niveau de risque est apprécié en fonction des caractéristiques propres du projet faisant l'objet du prêt garanti ainsi que du pays dans lequel est situé l'établissement scolaire français à l'étranger emprunteur selon une méthodologie définie par la commission mentionnée à l'article 10.

Cette méthodologie repose sur une analyse qui appréhende, à titre principal, le profil de risque financier de l'établissement scolaire, évalué à partir du ratio de levier de celui-ci, calculé en rapportant les dettes nettes à l'excédent brut d'exploitation. Ce critère est complété par une estimation, d'une part, des risques sur les revenus nécessaires au remboursement du prêt envisagé, au regard du plan de financement, ainsi que, d'autre part, des risques opérationnels mesurant la capacité de l'établissement à mettre en œuvre le projet dans le contexte réglementaire et politique du pays où il est situé. Le taux de la commission rémunérant la garantie est fixé par le ministre chargé de l'économie après avis de la commission mentionnée à l'article 10. Ce taux est compris entre 0,32 % et 1,8 % du capital restant dû à chaque échéance au titre du prêt garanti.