La sous-direction de l'organisation judiciaire et de l'innovation comprend sept bureaux :

- le bureau du droit de l'organisation judiciaire ;
- le bureau des méthodes et des expertises ;
- le bureau de la valorisation, de l'innovation et de l'accompagnement des juridictions (VIA-Justice) ;
- le bureau des applications informatiques pénales ;
- le bureau des applications informatiques civiles ;
- le bureau des infrastructures techniques et de l'innovation ;
- le bureau d'appui aux projets liés aux applicatifs métiers.