En matière de protection animale, les contrôles des conditions de prise en charge, d'hébergement et d'utilisation des animaux par les services, établissements et organismes placés sous l'autorité ou la tutelle du ministre de la défense sont assurés par les vétérinaires des armées au titre de leurs compétences territoriales précisées par instruction du service de santé des armées.
Toutefois les contrôles effectués en application des dispositions des articles R. 214-110 à R. 214-115 du code rural et de la pêche maritime relatives à la protection des animaux de laboratoires sont assurés par des vétérinaires des armées désignés par le directeur central du service de santé des armées sur proposition de l'inspecteur technique des services vétérinaires des armées.