La commission consultative paritaire est présidée par le directeur de l'administration générale compétent pour les personnels concernés par le ou les points inscrits à l'ordre du jour. Toutefois, en cas d'empêchement, il peut se faire remplacer par le représentant de l'administration le plus ancien dans le grade ou l'emploi le plus élevé, compétent pour les personnels concernés par le ou les points inscrits à l'ordre du jour.
La commission élabore son règlement intérieur, qui doit être soumis à l'approbation des ministres chargés du travail et de la santé.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission.
Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.