Une commission administrative paritaire académique est par ailleurs créée auprès de chaque recteur d'académie.
Les commissions administratives paritaires académiques sont compétentes pour les questions entrant dans le champ d'application de l'article 25 du décret du 28 mai 1982 susvisé qui relèvent des attributions déléguées aux recteurs dans le cadre des mesures de déconcentration. Elles préparent les travaux de la commission administrative paritaire nationale.
La date et l'organisation des élections des représentants du personnel à la commission administrative paritaire académique sont fixées par arrêté du recteur d'académie.