L'enseignement est encadré par les directeurs de départements, assistés par des intervenants, professionnels en exercice.

Les grandes orientations pédagogiques des programmes, à l'exception du programme de la formation SACRe, sont préparées par le directeur des études, et soumises, pour avis, au conseil professionnel et au conseil d'administration.

Le programme de la formation SACRe est conçu par le responsable de la recherche de l'école, par la direction de la formation doctorale SACRe, et par l'Ecole doctorale 540 de l'Ecole normale supérieure, dont les doctorants doivent valider le plan de formation.

Le programme AIMS est conçu par le responsable du programme de l'école et par un comité de pilotage AIMS regroupant les écoles partenaires du programme.