En temps normal, la commission mixte des fréquences est présidée par le secrétaire général du comité de coordination des télécommunications.

Dans les circonstances prévues aux articles 2 et 6 de l'ordonnance susvisée du 7 janvier 1959, elle est présidée par le chef du bureau militaire national des fréquences, représentant du ministre de la défense.