| Agent biologique | Classification | Sigles et symboles |
| Adenoviridae | 2 | |
| Arenaviridae : |
| Complexe de la chorioméningite lymphocytaire-Lassa (arénavirus ancien monde) : | | |
| Virus Lassa | 4 | |
| Virus de la chorioméningite lymphocytaire (souches neurotropes) | 3 | |
| Virus de la chorioméningite lymphocytaire (autres souches) | 2 | |
| Virus Mopeia | 2 | |
| Autres complexes de la chorioméningite lymphocytaire-Lassa | 2 | |
| Complexe Tacaribe (arénavirus nouveau monde) : | | |
| Virus Guanarito | 4 | |
| Virus Junin | 4 | |
| Virus Sabia | 4 | |
| Virus Machupo | 4 | |
| Virus Flexal | 3 | |
| Virus Lujo | 4 | |
| Virus Whitewater Arroyo | 4 | |
| Virus Chapare | 4 | |
| Autres complexes Tacaribe | 2 | |
| Bunyaviridae : |
| Virus Belgrade (également appelé Dobrava) | 3 | |
| Virus Bhanja | 2 | |
| Virus Bunyamwera | 2 | |
| Virus Germiston | 2 | |
| Virus Oropouche | 3 | |
| Virus de l'encéphalite de Californie | 2 | |
| Virus Sir Nombre (anciennement Muerto Canyon) | 3 | |
| Hantavirus : |
| Hantaan (fièvre hémorragique avec syndrome rénal) | 3 | |
| Virus Andes | 3 | |
| Virus Choclo | 3 | |
| Virus Laguna Negra | 3 | |
| Virus Séoul | 3 | |
| Virus Puumala | 2 | |
| Virus Prospect Hill | 2 | |
| Autres Hantavirus | 2 | |
| Nairovirus : |
| Virus de la fièvre hémorragique de Crimée/Congo | 4 | |
| Virus Hazara | 2 | |
| Phlébovirus : |
| Fièvre de la vallée du Rift | 3 | V |
| Fièvre à phlébotomes | 2 | |
| Virus Toscana | 2 | |
| Autres Bunyavirus connus comme pathogènes | 2 | |
| Caliciviridae : |
| Norwalk-Virus | 2 | |
| Autres Caliciviridae | 2 | |
| Coronavidae : | | |
| Betacoronavirus | | |
| Coronavirus responsable du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV) | 3 | |
| Coronavirus responsable du Syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) | 3 | |
| Coronavirus responsable du Syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) | 3 | (i) |
| Autres Coronavidae | 2 | |
| Virus de l'hépatite E | 3 | (*) |
| Filoviridae : |
| Virus Ebola | 4 | |
| Virus de Marbourg | 4 | |
| Flaviviridae : |
| Encéphalite d'Australie (encéphalite de la vallée de Murray) | 3 | |
| Encéphalite à tiques d'Europe centrale | 3 | V (*) (a) |
| Absettarov | 3 | V (a) |
| Hanzalova | 3 | V (a) |
| Hypr | 3 | V (a) |
| Kumlinge | 3 | V (a) |
| Virus de la dengue, types 1-4 | 3 | |
| Virus de l'hépatite C | 3 | (*) |
| Encéphalite B japonaise | 3 | V |
| Maladie de la forêt de Kyasanur | 3 | V |
| Louping ill | 3 | (*) |
| Fièvre hémorragique d'Omsk | 3 | V |
| Powassan | 3 | |
| Rocio | 3 | |
| Encéphalite verno-estivale russe | 3 | V (a) |
| Encéphalite de Saint-Louis | 3 | |
| Wesselsbron | 3 | (*) |
| West Nile | 3 | |
| Fièvre jaune | 3 | V |
| Autres Flavivirus connus pour être pathogènes | 2 | |
| Virus de l'hépatite G | 3 | (*) |
| Hepadnaviridae : |
| Virus de l'hépatite B | 3 | V (*) |
| Virus de l'hépatite D (delta) | 3 | V (*) (b) |
| Herpesviridae : |
| Cytomégalovirus | 2 | |
| Herpesvirus hominis 7 | 2 | |
| Herpesvirus hominis 8 | 2 | |
| Virus d'Epstein-Barr | 2 | |
| Virus du cercopithèque type 1 (virus B du singe) | 3 | |
| Virus de l'herpès humain, types 1 et 2 | 2 | |
| Varicellovirus | 2 | |
| Virus lymphotrope B humain (HBLV-HHV 6) | 2 | |
| Orthomyxoviridae : |
| Virus grippal (influenza), types A, B et C | 2 | V (c) |
| Orthomyxoviridae transmis par les tiques : virus Dhori et Thogoto | 2 | |
| Papovavioridae : |
| Virus BK et JC | 2 | |
| Papillomavirus humain | 2 | |
| Paramyxoviridae : |
| Virus de la rougeole | 2 | V |
| Virus des oreillons | 2 | V |
| Virus de la maladie de Newcastle | 2 | |
| Virus parainfluenza , types 1 à 4 | 2 | |
| Virus respiratoire syncytial | 2 | |
| Henipavirus Virus Hendra | 4 | |
| Virus Nipah | 4 | |
| Parvoviridae : |
| Parvovirus humain (B 19) | 2 | |
| Picornaviridae : |
| Virus de la conjonctivite aiguë hémorragique (AHC) | 2 | |
| Virus Coxsackie | 2 | |
| Virus Echo | 2 | |
| Virus de l'hépatite A (hépatovirus) | 2 | V |
| Virus poliomyélitique | 2 | V |
| Rhinovirus | 2 | |
| Poxviridae : |
| Virus de la variole du buffle | 2 | (d) |
| Virus de la variole bovine | 2 | |
| Virus de la variole de l'éléphant | 2 | (e) |
| Virus du nodule des trayeurs | 2 | |
| Virus du Molluscum contagiosum | 2 | |
| Virus de la variole du singe | 3 | V |
| Virus Orf | 2 | |
| Virus de la variole du lapin | 2 | (f) |
| Virus de la vaccine | 2 | |
| Virus de la variole (majeure et mineure) | 4 | V |
| Virus de la variole blanche | 4 | V |
| Virus Tana et Yaba | 2 | |
| Reoviridae : |
| Coltivirus | 2 | |
| Rotavirus humains | 2 | |
| Orbivirus | 2 | |
| Reovirus | 2 | |
| Retroviridae : | |
| Virus de l'immuno-déficience humaine | 3 | (*) |
| Virus de leucémies humaines à cellules T (HTLV), types 1 et 2 | 3 | (*) |
| Virus SIV | 3 | (*) (g) |
| Rhabdoviridae : |
| Virus de la rage | 3 | V (*) |
| Virus de la stomatite vésiculeuse | 2 | |
| Togaviridae : Alphavirus : |
| Encéphalomyélite équine est-américaine | 3 | V |
| Virus Bebaru | 2 | |
| Virus Chikungunya | 3 | (*) |
| Virus Everglades | 3 | (*) |
| Virus Mayaro | 3 | |
| Virus Mucambo | 3 | (*) |
| Virus Ndumu | 3 | |
| Virus O'nyong-nyong | 2 | |
| Virus de la rivière Ross | 2 | |
| Virus de la forêt de Semliki | 2 | |
| Virus Sindbis | 2 | |
| Virus Tonate | 3 | (*) |
| Encéphalomyélite équine du Venezuela | 3 | V |
| Encéphalomyélite équine Ouest-américaine | 3 | V |
| Autres alphavirus connus | 2 | |
| Rubivirus (virus de la rubéole) | 2 | V |
| Toroviridae : | 2 | |
| Virus non classés : |
| Morbillivirus équin | 4 | |
| Virus d'hépatites non encore identifiés | 3 | (*) |
| Agents transmissibles non conventionnels associés avec les encéphalopathies spongiformes transmissibles (EST) : |
| Maladie de Creutzfeldt-Jakob | 3 | (*) |
| Variante de la maladie de Creutzfeld-Jakob | 3 | (*) |
| Encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) et autres EST animales associées | 3 | (*) (h) |
| Syndrome de Gerstman-Sträussler-Scheinker | 3 | (*) |
| Kuru | 3 | (*) |