L'exploitant de l'établissement, le propriétaire ou son représentant doit tenir une comptabilité matière faisant apparaître les numéros d'agrément des établissements d'origine des viandes fraîches, les quantités de viandes introduites, produites et leurs destinations, et faire procéder à un contrôle régulier de l'hygiène générale en ce qui concerne les conditions de production dans son établissement, y compris par des contrôles microbiologiques.
Le responsable de l'atelier identifie tout aspect dans les activités qu'il se propose d'effectuer qui est déterminant pour la sécurité des aliments et il veille à ce que des procédures de sécurité appropriées soient établies, mises en oeuvre, respectées et mises à jour en se fondant sur les principes suivants qui sont utilisés pour développer le système H.A.C.C.P. :

• analyser les risques alimentaires potentiels d'une opération menée dans le cadre des activités d'une entreprise du secteur alimentaire ;
• mettre en évidence les niveaux et moments, ci-après dénommés points, de l'opération où des risques alimentaires peuvent se présenter ;
• établir quels points parmi ceux qui ont été mis en évidence sont déterminants pour la sécurité alimentaire (points critiques) ;
• définir et mettre en oeuvre des procédures de vérification et de suivi efficaces au niveau de ces points critiques ;
• revoir périodiquement, et à chaque modification de l'opération menée dans le cadre de l'entreprise du secteur alimentaire, l'analyse des risques alimentaires, les points de contrôle critiques ainsi que les procédures de vérification et de suivi.

Dans le cadre d'une démarche de qualité, le responsable de l'atelier peut en outre élaborer un guide de bonnes pratiques d'hygiène prenant en compte les différentes activités de son atelier, ou adopter un guide de bonnes pratiques élaboré par des professionnels du secteur alimentaire et traitant des activités exercées dans l'atelier. Ce guide de bonnes pratiques doit être reconnu par le directeur des services vétérinaires comme adapté aux activités exercées.
Des contrôles microbiologiques portant sur les outils, les installations et les machines à tous les stades de la production doivent être effectués par l'exploitant conformément à la procédure définie par instruction du ministre de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales. Les échantillons sont prélevés sur les sites où le risque de contamination biologique est le plus probable. La nature des contrôles, leur fréquence ainsi que les méthodes d'échantillonnage et d'examen bactériologique sont définies dans une instruction du ministre en charge de l'agriculture.
Des contrôles peuvent en outre être effectués sur les produits selon une méthode déterminée par l'exploitant.
Le vétérinaire doit procéder à l'analyse régulière des résultats de ces autocontrôles. Il peut, en fonction de cette analyse, faire procéder à des examens complémentaires à tous les stades de la production ou sur les produits.
L'exploitant, le propriétaire ou son représentant, veille à remédier aux carences et manquements à l'hygiène qui lui sont signifiées par le vétérinaire inspecteur.