Le service de la stratégie de la recherche et de l'innovation élabore la stratégie en matière de recherche et d'innovation et assure sa mise en œuvre. Il décline cette stratégie dans ses dimensions scientifiques sectorielles et dans ses dimensions transversales.

Il définit une stratégie européenne et internationale en matière de recherche et d'innovation et coordonne la mise en œuvre des initiatives et dispositifs européens pour la recherche et l'innovation.

Le service de la stratégie de la recherche et de l'innovation comprend :

- sept secteurs, chacun placé sous l'autorité d'un directeur scientifique :

- le secteur environnement, planète-univers, espace ;

- le secteur énergie, développement durable, chimie et procédés ;

- le secteur mathématiques, physique, nano-sciences, sciences et technologies de l'information et de la communication ;

- le secteur bio-ressources, écologie, agronomie ;

- le secteur biologie et santé ;

- le secteur sciences de l'homme et de la société ;

- le secteur sciences et société ;

- le département de la coordination et des politiques transversales ;

- le département des affaires européennes et internationales.