Le département du contrôle interne et des systèmes d'information financière anime et coordonne le déploiement du contrôle interne comptable et budgétaire à l'ensemble des services. Il assure l'animation de la fonction financière et met en œuvre la modernisation de l'exécution de la chaîne financière. Il veille au respect des normes comptables et à la mise en œuvre de la réglementation financière. Il assure le suivi et coordonne l'adaptation des systèmes d'information financière ministériels (Chorus et ses interfaces métiers). Il contribue au déploiement et aux évolutions des systèmes d'information budgétaire et financière.