Des commissions nationales de première instance et d'appel sont instituées dans chacune des spécialités des diplômes d'études spécialisées et des options.
La composition et les modalités d'organisation des commissions sont détaillées au sein de l'article 2 de l'arrêté du 30 juin 2004 susvisé.
Un représentant du service de santé des armées désigné par le ministre de la défense assiste aux travaux des commissions nationales de première instance et d'appel avec voix consultative lorsqu'ils concernent un médecin des armées.