L'école de formation des affaires maritimes assure la formation initiale des inspecteurs des affaires maritimes, la formation de spécialisation des ingénieurs des travaux publics de l'Etat dans le domaine de la sécurité des navires, ainsi que la formation initiale ou d'adaptation à l'emploi des agents nouvellement affectés au sein de l'administration chargée de la mer et du littoral.
Elle assure la formation continue des agents du ministère chargé de la mer qui, compte tenu du caractère maritime de leurs missions, ont un besoin de formation relatif à la conception, à l'administration et au contrôle des activités maritimes, notamment dans les domaines suivants :

• le sauvetage en mer ;
• la sûreté et la sécurité maritime ;
• l'administration des gens de mer et des activités maritimes professionnelles et de plaisance ;
• le transport maritime et la gestion des navires ;
• la gestion des ressources halieutiques et aquacoles ;
• les polices exercées en mer ;
• l'action de l'Etat en mer ;
• la gestion du domaine public maritime et du littoral ;
• l'environnement marin ;
• l'accompagnement et le développement durable des économies maritimes.

Elle propose aux autres agents de l'Etat des actions de formations continues dans les domaines mentionnés à l'alinéa précédent.
Elle peut également recevoir des stagiaires des établissements publics, des collectivités territoriales ou du secteur privé ainsi que des stagiaires étrangers.