La mission ministérielle d'audit interne, sous la responsabilité du responsable ministériel de l'audit interne, pilote et anime la fonction d'audit interne et est chargée d'en assurer la cohérence sur le périmètre du ministère et de ses opérateurs. Elle veille à la diffusion des bonnes pratiques en matière d'audit interne.

Elle prépare le programme d'audit interne ministériel, réalise les missions d'audit approuvées par le comité ministériel d'audit interne et suit la mise en œuvre des actions de progrès décidées à l'issue.

Elle instruit toute demande du comité ministériel d'audit interne.