La sous-direction de l'archéologie, de l'ethnologie, de l'inventaire et du système d'information comprend :

• le département recherche, méthodes et expertise ;
• le département système d'information de l'architecture et du patrimoine ;
• la mission archéologie ;
• la mission ethnologie ;
• la mission inventaire général du patrimoine culturel ;
• le Centre national d'archéologie urbaine ;
• le Centre national de la préhistoire.