L'agrément est accordé pour le territoire suivant :

- en région Auvergne-Rhône-Alpes : départements de l'Ain, de la Drome, de l'Isère, de la Savoie, de la Haute-Savoie ;
- en région Provence-Alpes-Côte d'Azur : départements des Alpes-de-Haute-Provence, des Hautes-Alpes.

Le conservatoire botanique alpin assure également la coordination biogéographique des actions mises en œuvre par les conservatoires botaniques nationaux pour le territoire du massif alpin tel que défini par le décret n° 2004-69 du 16 janvier 2014 susvisé.