Le directeur général de la sécurité extérieure est assisté d'un directeur général adjoint, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

Le directeur général de la sécurité extérieure dispose du service de l'inspection générale, qui évalue et conseille l'ensemble des structures de la direction générale de la sécurité extérieure.

Sous l'autorité du directeur général, le directeur général adjoint est notamment chargé :

- de définir et de mettre en place les mesures destinées à assurer la sécurité du personnel et des installations de la direction générale de la sécurité extérieure ainsi que de la protection de la confidentialité de ses structures, moyens et missions ;

- de diligenter les enquêtes administratives mentionnées à l'article R. 234-1 du code de la sécurité intérieure. A cette fin, il dispose du service de sécurité ;

- de coordonner et d'animer les activités de la direction générale de la sécurité extérieure dans le domaine du contre-espionnage ;

- d'assurer la cohérence de l'utilisation des moyens opérationnels. A cette fin, il dispose de la cellule de coordination opérationnelle.