Le secrétaire général correspond directement avec le secrétaire général pour l'administration, la délégation générale pour l'armement, le contrôle général des armées, les états-majors, la direction générale de la gendarmerie nationale, la direction centrale du service de santé des armées et la direction centrale du service des essences des armées ainsi qu'avec les institutions ou organisations non militaires représentées au sein du conseil supérieur.
Les autorités auxquelles s'adresse le secrétaire général lui répondent directement.