Le déclarant établit un plan de chantier et un planning visant, le cas échéant, à moduler dans le temps et dans l'espace l'activité en fonction :
- des conditions hydrodynamiques, hydrauliques ou météorologiques ;
- de la sensibilité de l'écosystème et des risques de perturbation de son fonctionnement ; les travaux ne doivent notamment pas être de nature à détruire les zones de frayères, les zones de croissance ou les zones d'alimentation ou de réserves de nourriture de la faune piscicole. Si l'opération envisagée ne peut éviter la destruction d'une de ces zones, il est rappelé qu'elle sort alors du champ d'application de la procédure de déclaration et qu'une autorisation est nécessaire à la fois au titre de l'article L. 432-3 du code de l'environnement et des articles L. 214-1 à L. 214-6 de ce même code (ex-art. 10 de la loi sur l'eau de 1992) ;
- de la nature et de l'ampleur des activités de navigation, de pêche et d'agrément ; le préfet peut en outre fixer les périodes pendant lesquelles les travaux ne doivent pas avoir lieu ou doivent être restreints (périodes de migration et de reproduction des poissons, de loisirs nautiques...).

Le projet assure autant que possible, par ses modalités de construction, un éclairement naturel (tirant d'air suffisant, évasement des extrémités). La transition entre la pleine lumière et l'intensité lumineuse sous l'ouvrage doit être progressive.
Dans le cas d'un ouvrage touchant aux berges ou au radier, les dispositions sont prises pour maintenir la circulation des poissons. En particulier, la pente naturelle du lit du cours d'eau doit être préservée pour que la vitesse d'écoulement naturel de l'eau ne soit pas dépassée. En cas de ruptures de pente ou de créations de chute d'eau, des dispositifs spéciaux dissipateurs d'énergie doivent être aménagés de façon à maintenir le franchissement des poissons. Le radier est situé à environ trente centimètres au-dessous du lit moyen du cours d'eau et est recouvert d'un matériau de même nature que celui du cours d'eau. La largeur et la section d'écoulement doivent être comparables à celles du cours d'eau pour les débits rencontrés en période de migration.
Pour les faibles débits une lame d'eau minimale doit être assurée.

Des dispositions sont prises pour éviter les érosions significatives en aval et à l'intérieur de l'ouvrage.
Le dimensionnement de l'ouvrage doit permettre de préserver le libre écoulement des eaux et ne pas entraîner une aggravation des risques pour la sécurité des biens et des personnes implantées à l'amont et à l'aval.

Pendant la durée des travaux, le déclarant veille à ne pas entraver l'écoulement des eaux. Il doit en outre garantir une capacité d'intervention rapide de jour ou de nuit afin d'assurer le repliement des installations du chantier en cas de crue consécutive à un orage ou un phénomène pluvieux de forte amplitude.

Pendant la durée des travaux, tout apport de polluant ou de charge solide, immédiat ou différé, est proscrit. Le déclarant prend toutes les dispositions nécessaires à cet égard, en particulier les travaux doivent être réalisés avec le souci constant de l'environnement et des milieux aquatiques. En particulier :
Une attention particulière est apportée à la mise en place des bétons afin que les pertes de laitance de ceux-ci ne polluent pas les eaux ;
Les produits susceptibles de porter atteinte à la qualité des eaux sont stockés hors d'atteinte de celles-ci ;
Aussitôt après l'achèvement des travaux, le déclarant enlève tous les décombres, terres, dépôts de matériaux qui pourraient subsister.

En cas d'incident lors des travaux, susceptible de provoquer une pollution accidentelle ou un désordre dans l'écoulement des eaux à l'aval ou à l'amont du site, le déclarant doit immédiatement interrompre les travaux ou l'incident provoqué et prendre les dispositions afin de limiter l'effet de l'incident sur le milieu et sur l'écoulement des eaux et afin d'éviter qu'il ne se reproduise. Il informe également dans les meilleurs délais le service chargé de la police de l'eau de l'incident et des mesures prises pour y faire face ainsi que les collectivités locales en cas d'incident à proximité d'une zone de baignade, conformément à l'article L. 211-5 du code de l'environnement.