Les épreuves pratiques en vol sont passées sur un aéronef correspondant à la catégorie pour laquelle la qualification est recherchée, répondant aux conditions techniques exigées pour le vol IFR et dont le choix est approuvé par le jury de l'examen. Elles ont lieu en présence d'un examinateur choisi par le président du jury de l'examen sur la liste des examinateurs agréés et d'un instructeur choisi par l'organisme qui a préparé le candidat à ces épreuves.
Un certificat d'aptitude aux épreuves pratiques est délivré par le jury des examens précité au candidat ayant satisfait aux épreuves pratiques en vol. Il comporte deux des quatre mentions suivantes :
monomoteur ou multimoteur, et seul pilote à bord ou en équipage d'au moins deux pilotes. Ce certificat est valable six mois.
Le titulaire d'une qualification de vol aux instruments avion monomoteur, qui détient également une qualification de type ou de classe multimoteur et qui souhaite obtenir une qualification de vol aux instruments avion multimoteur, doit suivre de manière complète et satisfaisante une formation complémentaire homologuée comprenant au moins cinq heures d'instruction de vol aux instruments sur avion multimoteur et réussir l'épreuve pratique correspondante. Le titulaire d'une qualification de vol aux instruments hélicoptère monomoteur, qui détient également une qualification de type multimoteur et qui souhaite obtenir une qualification de vol aux instruments hélicoptère multimoteur, doit suivre de manière complète et satisfaisante une formation complémentaire homologuée comprenant au moins cinq heures d'instruction de vol aux instruments sur hélicoptère multimoteur et réussir l'épreuve pratique correspondante.
Aucune durée minimale n'est fixée a priori entre deux présentations aux épreuves pratiques en vol, mais le président du jury de l'examen peut déclarer irrecevable la demande d'un candidat qui, ayant précédemment échoué, ne se serait pas suffisamment entraîné depuis son dernier échec.