Outre son président, nommé pour une durée de quatre ans renouvelable une fois par arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche, de l'agriculture et de l'environnement, sur proposition du président de l'institut, le conseil scientifique et technique de l'Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture comprend vingt-quatre membres ainsi répartis :
a) Trois représentants de l'Etat, nommément désignés :
― un représentant du ministre chargé de la recherche ;
― un représentant du ministre chargé de l'agriculture ;
― un représentant du ministre chargé de l'environnement.
Un suppléant est nommé dans les mêmes conditions pour chacun de ces représentants ;
b) Quatorze membres nommés pour une durée de quatre ans renouvelable une fois, par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de l'agriculture, sur proposition du président de l'institut, parmi les personnalités scientifiques extérieures à l'institut, notamment étrangères, les responsables scientifiques et techniques de la recherche publique, de l'administration, de l'enseignement supérieur et des secteurs économiques et sociaux concernés par les domaines d'activités de l'institut.
Les membres décédés, démissionnaires ou qui n'exercent plus les fonctions au titre desquelles ils avaient été nommés doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leur prédécesseur.
Les quatorze membres ainsi nommés siègent personnellement. Néanmoins, en cas d'absence ou d'empêchement, un de ces quatorze membres peut donner pouvoir écrit de le représenter à l'un des treize autres membres. Un même membre ne peut détenir plus de deux pouvoirs ;
c) Sept représentants du personnel ainsi que leurs suppléants, élus pour une durée de quatre ans renouvelable une fois.

Participent aux séances du conseil scientifique et technique, avec voix consultative, le président de chaque commission spécialisée créée en application des dispositions de l'article R. 832-16 susvisé, le directeur général délégué pour la recherche et l'innovation et le directeur de la stratégie et de la recherche de l'institut. Participent également aux séances, avec voix consultative, sur invitation du président du conseil scientifique et technique et en fonction de l'ordre du jour, des experts extérieurs ou non à l'institut.

Le directeur de la stratégie et de la recherche de l'institut assure le secrétariat administratif du conseil.