L'exploitant prend toutes les dispositions nécessaires dans la conception et l'exploitation des installations pour limiter les flux d'eau. Un niveau de consommation d'eau par tonne de matières premières traitées doit en particulier être défini.

En cas de raccordement sur un réseau public, l'ouvrage est équipé d'un dispositif de disconnexion. Les volumes d'eau utilisés à partir d'un réseau public sont mesurés par le compteur dont est équipé le branchement de l'établissement.
Les ouvrages de prélèvement dans les cours d'eau ne doivent pas gêner le libre écoulement des eaux. Lorsqu'ils doivent être construits dans le lit du cours d'eau, ils respectent, sans préjudice de l'autorisation éventuellement requise en application de l'article L. 432-3 du code de l'environnement, les dispositions des articles L. 432-5 et L. 432-6 dudit code. Leur mise en place est compatible avec les dispositions de schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et du schéma d'aménagement et de gestion des eaux, lorsqu'il existe. Chaque point de prélèvement dans le sol ou les cours d'eau doit être équipé d'un compteur horaire totalisateur.
Les volumes consommés doivent être relevés journellement si le débit prélevé est susceptible de dépasser 100 m³/j et de manière hebdomadaire si ce débit est inférieur ; ils sont consignés dans un registre éventuellement informatisé tenu à disposition de l'inspection des installations classées.

Lors de la réalisation de forages en nappe, toutes dispositions sont prises pour éviter de mettre en communication des nappes d'eau distinctes, sauf autorisation explicite dans l'arrêté d'autorisation, et pour prévenir toute introduction de pollution de surface.
En cas de cessation d'utilisation d'un forage, l'exploitant prend les mesures appropriées pour l'obturation ou le comblement de cet ouvrage afin d'éviter la pollution des eaux souterraines.
La réalisation d'un nouveau forage ou la mise hors service d'un forage est portée à la connaissance du préfet avec tous les éléments d'appréciation de l'impact hydrogéologique.