Les conditions de traitement et les valeurs limites d'émissions sont fixées dans l'arrêté d'autorisation sur la base de l'emploi des meilleures technologies disponibles à un coût économique acceptable et des caractéristiques particulières de l'environnement.

Les points de rejet dans le milieu naturel sont en nombre aussi réduit que possible.
Les ouvrages de rejet doivent permettre une bonne diffusion des effluents dans le milieu récepteur.
Les rejets à l'atmosphère sont dans toute la mesure du possible collectés et évacués, après traitement si besoin, par l'intermédiaire de moyens techniques permettant une bonne diffusion des rejets.
Dans le cas des cheminées, la forme des conduits, notamment dans leur partie la plus proche du débouché à l'atmosphère, est conçue de façon à favoriser au maximum l'ascension des gaz dans l'atmosphère. La partie terminale de la cheminée peut comporter un convergent réalisé suivant les règles de l'art lorsque la vitesse d'éjection est plus élevée que la vitesse choisie pour les gaz dans la cheminée. L'emplacement de ces conduits est tel qu'il ne peut y avoir à aucun moment siphonnage des effluents rejetés dans les conduits ou prises d'air avoisinants. Les contours des conduits ne présentent pas de point anguleux et la variation de la section des conduits au voisinage du débouché est continue et lente.

Les canalisations de collecte des effluents liquides pollués ou susceptibles de l'être sont étanches et résistent à l'action physique et chimique des produits qu'elles sont susceptibles de contenir. Elles sont convenablement entretenues.
Les différentes canalisations sont repérées conformément aux règles en vigueur.
Un schéma de tous les réseaux et un plan des égouts sont établis par l'exploitant, régulièrement mis à jour et datés, notamment après chaque modification notable. Ils sont tenus à la disposition de l'inspection des installations classées ainsi que des services d'incendies et de secours. Le plan doit faire apparaître les secteurs collectés, les points de branchement, regards, avaloirs, postes de mesures, vannes manuelles et automatiques, etc.
A l'exception des cas accidentels où la sécurité des personnes ou des installations serait compromise, il est interdit d'établir des liaisons directes entre le milieu récepteur et les réseaux de collecte des effluents devant subir un traitement ou être détruits.

Dans les installations traitant par déshydratation les cadavres, déchets ou sous-produits d'origine animale, le niveau d'une odeur ou concentration d'un mélange odorant est défini comme le facteur de dilution qu'il faut appliquer à un effluent pour qu'il ne soit plus ressenti comme odorant par 50 % des personnes constituant un échantillon de population conformément à la norme NF X 43-101, X 43-104 puis NF EN 13725, six mois après publication dans le recueil des normes AFNOR.
Le débit d'odeur est défini conventionnellement comme le produit du débit d'air rejeté, exprimé en m³/h, par le facteur de dilution au seuil de perception (ou niveau d'odeur) exprimé en nombre d'unités d'odeur par m³.
Le débit d'odeur est calculé sur la base d'une étude de dispersion atmosphérique qui prend en compte les conditions locales de dispersion des polluants atmosphériques. Le débit d'odeur permet de respecter l'objectif de qualité de l'air ambiant suivant : la concentration d'odeur calculée dans un rayon de 3 kilomètres par rapport aux limites de l'installation ne doit pas dépasser cinq unités d'odeur par m³ plus de 175 heures par an (soit une fréquence de 2 %) pour les installations existantes ou plus de 44 heures par an (soit une fréquence de 0,5 %) pour les installations nouvelles.
La fréquence de dépassement doit prendre en compte les éventuelles durées d'indisponibilité des installations de traitement des composés odorants.
Cette étude de dispersion est réalisée par un organisme compétent choisi en accord avec l'inspecteur des installations classées, aux frais de l'exploitant et sous sa responsabilité.
A défaut de la réalisation d'une étude de dispersion, la concentration d'odeur à retenir, quelle que soit la hauteur d'émission, ne doit pas dépasser 1 000 ouE/m³ (unités d'odeur européennes par mètre cube).