Les effluents recueillis sur le site appartiennent à l'une des 3 catégories suivantes :
- les eaux pluviales non souillées ;
- les eaux souillées et les eaux ayant été en contact avec des matières premières ou avec des surfaces souillées par des matières premières ;
- les autres eaux (par exemple, eaux de lavage, y compris eaux de lavage des gaz, eaux de purge, eaux vannes...).

Les différents effluents sont traités de la façon suivante :
- les eaux pluviales non souillées sont rejetées dans le milieu naturel ou dans le réseau pluvial desservant l'installation, s'il existe ;
- les eaux ayant été en contact avec des matières premières ou avec des surfaces susceptibles d'être souillées par des matières premières doivent être traitées conformément aux dispositions de l'article 36 ;
- les autres eaux doivent être épurées, lorsqu'un traitement est nécessaire au respect des valeurs limites imposées au rejet et définies à l'annexe I.

L'installation de traitement des effluents doit disposer d'une unité de stockage étanche, close, d'une capacité permettant de faire face aux aléas de fonctionnement du site.