La sous-direction de la coopération de sécurité et de gouvernance comprend :
― la division des études, analyses et instruments de coopération ;
― la division d'Europe ;
― la division d'Afrique, d'Afrique du Nord et du Moyen-Orient ;
― la division des Amériques et d'Asie.
Elle assure, en liaison avec les services du ministère des affaires étrangères, la programmation, la mise en œuvre et le suivi des actions bilatérales de coopération technique. Elle assure également le suivi de l'ensemble des actions de coopération menées en matière de coopération bilatérale opérationnelle.
Elle propose des études et synthèses regroupant les aspects techniques et opérationnels des coopérations bilatérales.