L'exploitant ou à défaut le propriétaire manœuvre les organes de régulation de l'ouvrage de manière à respecter les cotes mentionnées dans l'arrêté d'autorisation ou dans les arrêtés de prescriptions complémentaires. Il ouvre les ouvrages évacuateurs (vannes, clapets) à chaque fois que le préfet de département l'ordonne pour des motifs liés à la préservation des milieux aquatiques ou de la ressource en eau et à la sécurité publique.
L'exploitant ou à défaut le propriétaire entretient et maintient fonctionnels les dispositifs établis pour assurer ses obligations en matière de continuité écologique et de débit restitué à l'aval.

L'exploitant ou à défaut le propriétaire est tenu d'entretenir la retenue et, le cas échéant, les canaux d'amenée d'eau aux turbines et les canaux de fuite. Ces opérations d'entretien ne nécessitent pas de déclaration ou d'autorisation préalable dans la mesure où elles ont été précisées dans la demande initiale et où les dispositions de l'arrêté fixant les prescriptions techniques générales pour la rubrique 3.2.1.0 sont respectées.
Le service de police de l'eau est tenu informé des dates de réalisation de ces opérations d'entretien au moins quinze jours avant leur démarrage, sauf dans les cas où l'urgence impose une intervention immédiate.

En cas d'incident lors des travaux susceptibles de provoquer une pollution accidentelle ou un désordre dans l'écoulement des eaux à l'aval (interruption dans la continuité) ou à l'amont du site, l'exploitant ou à défaut le propriétaire doit immédiatement prendre toutes les dispositions nécessaires (pouvant aller le cas échéant jusqu'à l'interruption des travaux ou la suspension de l'exploitation) afin de limiter les effets sur le milieu et sur l'écoulement des eaux et d'éviter qu'il ne se reproduise. Il informe également dans les meilleurs délais le préfet du département et les maires des communes concernées et, le cas échéant, le gestionnaire du domaine public fluvial.