Dans la conception et la mise en œuvre de leur projet, les maîtres d'ouvrage doivent définir les mesures adaptées pour éviter, réduire et, lorsque c'est nécessaire et possible, compenser leurs impacts négatifs significatifs sur l'environnement.
L'implantation des nouvelles installations et nouveaux ouvrages doit être compatible avec les caractéristiques des milieux aquatiques ainsi qu'avec les objectifs fixés par le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) et le schéma d'aménagement et de gestion des eaux (SAGE), lorsqu'ils existent.

Le projet de construction d'un nouvel ouvrage est établi en réduisant au maximum son impact sur la continuité écologique par des dispositifs de franchissement ou des mesures de gestion adaptées aux enjeux du cours d'eau.
Les enjeux relatifs au rétablissement de la continuité écologique sont examinés dans le document d'incidence et le pétitionnaire propose les mesures à mettre en œuvre au regard de cet examen. Le choix des moyens d'aménagement ou de gestion doit tenir compte des principes d'utilisation des meilleures techniques disponibles ainsi que de proportionnalité des corrections demandées au regard de l'impact de chaque ouvrage et de proportionnalité des coûts par rapport aux avantages attendus.
La réduction d'impact sur la continuité piscicole peut ne pas nécessiter l'aménagement d'un dispositif de franchissement à la montaison ou à la dévalaison, dès lors que le pétitionnaire démontre que cette continuité est garantie, sans un tel dispositif, à un niveau suffisant pour permettre l'accomplissement du cycle biologique des poissons migrateurs et garantir le brassage génétique et la diversité des structures d'âge.
L'exigence d'efficacité du franchissement est maximale pour les espèces amphihalines, compte tenu des effets liés au cumul d'obstacles sur leurs migrations.
La prise en compte d'une espèce amphihaline est appréciée au regard de sa présence effective dans la section de cours d'eau où l'ouvrage est projeté ou du calendrier programmé de reconquête de cette section par cette espèce à l'issue d'un plan ou programme de restauration de sa migration adopté ou en cours à l'aval de cette même section.
La réduction de l'impact sur la continuité sédimentaire vise à assurer le bon déroulement du transport sédimentaire en évitant autant que possible les interventions au moyen d'engins de chantier.
Ces dispositions sont également applicables dans le cadre :

-des renouvellements d'autorisations ;
-des modifications d'ouvrages ou installations existants conduisant à une augmentation de la hauteur du seuil ou du barrage, si cette augmentation est susceptible d'avoir des impacts négatifs sur la continuité écologique ;
-des modifications d'ouvrages ou installations existants conduisant à une nouvelle autorisation.

Dans ces trois cas, sur les cours d'eau non classés au titre de l'article L. 214-17 du code de l'environnement, l'autorité administrative peut dispenser de la mise en place d'un dispositif de franchissement à la montaison ou à la dévalaison, si le pétitionnaire justifie dans le document d'incidences qu'il n'existe aucun dispositif techniquement réalisable à un coût économiquement acceptable au regard des avantages attendus pour les poissons migrateurs et qu'il met en œuvre des mesures particulières de réduction ou de compensation des incidences.

Les remises en service d'installations, les demandes de modifications, notamment lorsqu'elles conduisent à une augmentation de l'usage de la ressource en eau, sont conditionnées au respect de leurs obligations en matière de sécurité publique, de débit minimum biologique prévu par l'article L. 214-18 du code de l'environnement, et de continuité écologique sur les cours d'eau classés au titre de l'article L. 214-17 de ce même code, ainsi qu'au regard de toute prescription particulière dont ils font l'objet.

Le projet comprend, dans le respect des principes généraux fixés à l'article 5 ci-dessus, des mesures visant à compenser l'impact résiduel significatif lié à l'opération et notamment celui lié, à l'augmentation de l'effet d'étagement sur le cours d'eau, à la création d'une retenue, à la création d'un obstacle à la continuité écologique ou à la création d'un tronçon court-circuité.
Ces mesures peuvent consister notamment en des actions et des financements d'actions, de préférence dans le tronçon du cours d'eau hydromorphologiquement homogène, visant l'amélioration des fonctionnalités des milieux aquatiques (suppression d'obstacles, restauration d'annexes alluviales, mobilité latérale, transition terre-eau, frayères, etc.) ou de l'état écologique de la masse d'eau.