L'Agence des participations de l'Etat est composée de trois sous-directions, de pôles d'expertise et d'un secrétariat général.

Le secrétariat général ainsi que les pôles d'expertise sont directement rattachés au directeur général adjoint. Les pôles sont notamment chargés des ressources humaines, de l'expertise juridique, de l'expertise comptable et de l'audit ainsi que de l'expertise en matière financière.