Le comité est présidé par le secrétaire général adjoint de la mer. Le comité se réunit une fois par an sur convocation de son président, qui arrête l'ordre du jour après consultation de ses membres. Les membres du comité peuvent être assistés d'experts en fonction de l'ordre du jour de la séance. Le directeur général du SHOM ou son représentant assiste aux séances avec voix consultative. Le comité peut, à l'initiative de son président, organiser des commissions thématiques permanentes ou temporaires chargées de préparer ses délibérations. Le procès-verbal de chaque séance est adressé au président et aux membres du conseil d'administration du SHOM et aux membres du comité.