Le service de santé des armées est dirigé par un directeur central, médecin général des armées.
L'inspection du service de santé des armées lui est directement rattachée.
Le directeur central exerce les attributions de haut fonctionnaire en charge de la santé pour le ministère de la défense, au sens de l'article D. 1411-32 du code de la santé publique.
En outre, au nom du ministre de la défense, il :

- délivre les autorisations de lieu de recherche impliquant la personne humaine mentionnées à l'article L. 1121-13 du code de la santé publique, dans l'ensemble des organismes du ministère ;
- prend les décisions et délivre les récépissés en matière de déclaration, mentionnés à l'article R. 532-32 du code de l'environnement, pour des utilisations dans les organismes du service de santé des armées.

Le directeur central réunit des comités pour élaborer la stratégie et conduire l'activité du service, dont les attributions, la composition et le fonctionnement sont fixés par instruction.