La commission nationale comprend dix-huit membres titulaires répartis en nombre égal entre représentants de l'administration et représentants des personnels. Elle comprend également des membres suppléants dont le nombre est égal à celui des titulaires.

1° Les membres titulaires représentant l'administration mentionnés à l'article 2 sont les suivants :
― le directeur de l'eau du ministère chargé de l'environnement ou son représentant, qui préside la commission ;
― le directeur général des personnels et de l'administration du ministère chargé de l'équipement ou son représentant ;
― le directeur général de l'administration du ministère chargé de l'environnement ou son représentant ;
― les six directeurs d'agences de l'eau ou leurs représentants.
2° Les représentants des personnels sont nommés parmi les agents en fonctions dans les agences de l'eau, sur proposition des organisations syndicales dont la représentativité est appréciée sur la base des résultats de la consultation du personnel des agences de l'eau, organisée le 24 septembre 2007 afin de déterminer les organisations syndicales appelées à être représentées au sein du comité technique paritaire commun aux agences de l'eau créé par le décret du 15 mai 2007 susvisé.
Les neuf sièges de représentants des personnels titulaires sont répartis sur la base du quotient électoral et suivant la règle de la représentation proportionnelle avec répartition du reste à la plus forte moyenne. Il est attribué à chaque organisation syndicale autant de sièges de suppléants que de titulaires.
Vu le résultat de la consultation organisée le 24 septembre 2007, les représentants du personnel nommés à la commission nationale de classement sont désignés par les organisations syndicales ci-après, les sièges étant attribués comme suit :

| |NOMBRE DE SIÈGES| | |-----------------------------------|----------------|----------| |ORGANISATIONS
représentatives| | | | | Titulaires |Suppléants| | SNE-FSU | 5 | 5 | | CFDT-Environnement | 2 | 2 | | SNPAE-CGT | 1 | 1 | | FO | 1 | 1 |

La liste nominative des membres de la commission est fixée par arrêté du ministre chargé de l'environnement.