Le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives est autorisé à assurer sa gestion financière et à présenter sa comptabilité suivant les usages du commerce.
Il est soumis à un contrôle financier dont les règles sont déterminées par le décret en conseil d'Etat prévu à l'article 8 ci-dessous.
Il est dispensé du contrôle financier prévu par le décret du 25 octobre 1935 instituant un contrôle financier des établissements publics autonomes de l'Etat, par le décret du 30 octobre 1935 organisant le contrôle de l'Etat sur les sociétés, syndicats et associations ou entreprises de toute nature ayant fait appel au concours financier de l'Etat, ainsi que par l'ordonnance du 13 novembre 1944 portant organisation d'un corps de contrôleurs d'Etat et fixant les modalités d'exercice du contrôle économique et financier.
Toutefois, les dépenses de personnel et de matériel afférentes à la gestion administrative de l'établissement ainsi que les acquisitions d'immeubles font l'objet d'états spéciaux et détaillés comportant notamment les effectifs numériques et les rémunérations du personnel. Ces dépenses sont soumises, en matière de contrôle financier, à la réglementation générale applicable aux établissements publics autonomes de l'Etat (1).
Le commissariat ne peut recourir à des emprunts publics sans l'approbation préalable du ministre des finances.