Il y a un ou plusieurs juges d'instruction dans chaque tribunal judiciaire.
Toutefois, lorsqu'il existe plusieurs tribunaux judiciaires dans un département, un décret peut fixer la liste des tribunaux dans lesquels il n'y a pas de juge d'instruction.
Ce décret précise quel est le tribunal judiciaire dont le ou les juges d'instruction sont compétents pour connaître des informations concernant des procédures relevant de la compétence du procureur de la République du tribunal dans lequel il n'y a pas de juge d'instruction.

Le juge d'instruction exerce ses fonctions au siège du tribunal judiciaire auquel il appartient.
Pour l'exécution des actes de l'information, il peut se transporter dans toute l'étendue du territoire national ou sur le territoire d'un Etat étranger conformément aux dispositions des troisième et sixième parties.

Le juge d'instruction est nommé conformément aux dispositions de l'ordonnance n° 58-1270 du 22 décembre 1958 portant loi organique relative au statut de la magistrature.
En cas de nécessité, le premier président peut, conformément à l'article LO 121-4 du code de l'organisation judiciaire, déléguer un juge au tribunal judiciaire pour être temporairement chargé des fonctions d'instructions en remplacement du magistrat désigné comme il est dit au premier alinéa ou concurremment avec lui.
Si le juge d'instruction est absent ou empêché, pour quelle que cause que ce soit, ou qu'il est nommé à un autre poste, le tribunal judiciaire peut, conformément aux dispositions du code de l'organisation judiciaire, décider qu'il sera remplacé par un ou plusieurs juges de ce tribunal qui ne sont pas juge d'instruction.
Si le juge d'instruction est absent ou empêché, pour quelque cause que ce soit, ou qu'il est nommé à un autre poste, le tribunal judiciaire peut, conformément aux dispositions du code de l'organisation judiciaire, décider qu'il sera remplacé par un ou plusieurs des juges de ce tribunal qui ne sont pas juges d'instruction.

Le président de la chambre des investigations et des libertés s'assure du bon fonctionnement des cabinets d'instruction selon des modalités prévues par voie réglementaire.