L'article 9 complète les mesures existantes en matière de sanctions, afin de rendre plus efficace leur caractère dissuasif. Outre les navires soumis à l'obligation de détenir un rôle d'équipage, les bateaux pratiquant la navigation maritime, soumis à la détention d'un permis de circulation, d'une carte de circulation ou d'un titre de navigation intérieures seront également astreints aux mêmes obligations, par souci d'égalité de tous les justiciables devant la loi.
L'article 10 du projet d'ordonnance prévoit de renforcer les sanctions relatives au défaut de respect des instructions particulières émanant des autorités maritimes en matière de circulation des navires, qui jusqu'à présent n'étaient pas dissuasives. Cette réécriture des infractions existantes était, en outre, nécessaire du fait que la responsabilité pénale du capitaine n'est pas ou plus la seule en cause : l'exploitant, le représentant légal, le dirigeant de fait pour une personne morale, toute personne exerçant en droit ou en fait un pouvoir sur la conduite du navire, en réalité les « donneurs d'ordre », sont désormais pénalement responsables pour certaines infractions en matière de pollution, notamment, dès lors que leur responsabilité aura été établie dans la survenance de l'événement.
L'article 11 prévoit des sanctions pénales correspondant aux manquements à des dispositions du droit du travail dont les obligations sont définies dans le code des transports. Ces obligations étant spécifiques au secteur maritime, elles ne sont pas codifiées dans le code du travail, de même que les dispositions pénales : dès lors que, pour des obligations similaires, les peines sont prévues par le code du travail, il y est fait renvoi ; à défaut, ces peines ont été prévues avec le même niveau de sanction que dans le code du travail.
Le tribunal a désormais la possibilité de décider que les amendes prononcées à l'encontre de la personne exerçant le commandement du navire sont à la charge du propriétaire ou de l'exploitant de celui-ci, au vu des circonstances de l'affaire.
Ces dispositions ont vocation à responsabiliser pleinement les armateurs et à assurer aux capitaines des navires une meilleure prise en compte des situations.
Les articles 12 et 13 du projet d'ordonnance permettent au tribunal maritime de prononcer des peines à titre complémentaire ou principal, ce qui se traduira, pour le justiciable reconnu responsable pénalement d'infractions maritimes, soit par une interdiction de pratiquer toute navigation, soit par le retrait temporaire ou définitif des droits ou prérogatives qu'il tient de ses diplôme ou brevet s'il est marin, soit par une interdiction de pratiquer la navigation maritime dans les eaux françaises.