Les prélèvements d'échantillons prévus par l'article 28 de la loi du 17 juin 1998 susvisée sont effectués par l'exploitant ou son représentant en présence d'un membre de l'équipe d'inspection et d'un membre de l'équipe d'accompagnement.
Lorsque l'exploitant ou son représentant refuse de procéder à un tel prélèvement, le chef de l'équipe d'accompagnement, sous réserve des dispositions de la convention du 13 janvier 1993 et de la loi du 17 juin 1998 susvisées, peut demander à un membre de l'équipe d'accompagnement de procéder audit prélèvement. L'exploitant ou son représentant assiste à l'opération de prélèvement.
Le chef de l'équipe d'accompagnement peut, avec l'accord de l'exploitant ou de son représentant et dans les conditions prévues par la loi du 17 juin 1997 susvisée, autoriser un membre de l'équipe d'inspection à procéder à un prélèvement qui, dans ce cas, est effectué en présence de l'exploitant ou de son représentant et d'un membre de l'équipe d'accompagnement.

Tout prélèvement fait l'objet d'un compte rendu rédigé et signé par un membre de l'équipe d'accompagnement qui a assisté à l'opération.
Ce document comporte obligatoirement les indications suivantes :
1. La date, l'heure et le lieu du prélèvement ;
2. La raison sociale de l'exploitant ainsi que l'adresse de l'installation dans laquelle il a été procédé à ce prélèvement ;
3. Les nom, prénom et qualité de la personne qui a procédé à ce prélèvement ;
4. Les noms du représentant de l'installation et des membres de l'équipe d'inspection ayant assisté à ce prélèvement ;
5. Un exposé succinct des circonstances dans lesquelles ce prélèvement a été effectué ;
6. L'identification de ce prélèvement ainsi que toutes les indications jugées utiles pour établir son authenticité ;
7. La quantité prélevée ;
8. Les nom et prénom du membre de l'équipe d'accompagnement qui a rédigé le compte rendu.
L'exploitant ou son représentant présent lors des opérations de prélèvement peut faire insérer au compte rendu toutes les déclarations qu'il juge utiles.
Une copie de ce compte rendu est remise à l'exploitant ou à son représentant.

Avant toute analyse portant sur tout ou partie d'un prélèvement, le chef de l'équipe d'accompagnement s'assure qu'une partie de ce prélèvement pourra être éventuellement conservée comme échantillon témoin.
Les conditions de conservation sur site et, le cas échéant, de destruction de tout ou partie d'un prélèvement effectué à des fins d'analyses, des produits résultant de ces analyses lorsque celles-ci sont effectuées sur place et de l'échantillon témoin sont définies par l'exploitant ou son représentant en accord avec le chef de l'équipe d'accompagnement.

La remise de tout ou partie d'un prélèvement à l'équipe d'inspection fait l'objet d'un récépissé de remise et de prise en charge signé par un membre de l'équipe d'inspection et un membre de l'équipe d'accompagnement.

Lors de l'analyse sur place de tout ou partie d'un prélèvement, le chef de l'équipe d'accompagnement s'assure que cette analyse est conforme aux dispositions du III de l'article 28 de la loi du 17 juin 1998 susvisée.