La direction générale de l'alimentation exerce les compétences du ministère de l'agriculture et de la pêche relatives à la santé des plantes et des animaux et au contrôle de la qualité des produits agricoles et alimentaires.

A ce titre, elle élabore la politique de défense sanitaire et de protection des végétaux et veille à sa mise en oeuvre.

Elle est chargée de la réglementation et de l'homologation des produits phytopharmaceutiques et des matières fertilisantes et de leurs expérimentations officielles.

Elle élabore, conjointement avec le ministère chargé de l'environnement, la réglementation relative à l'utilisation du génie génétique et veille à son application.

Elle élabore les réglementations relatives à la santé, à l'alimentation et à la protection animales, à l'identification des animaux et à la traçabilité des produits et veille à leur mise en oeuvre.

Elle est chargée des questions relatives aux activités professionnelles vétérinaires et, en liaison avec le ministre chargé de la santé, à celles relatives à la pharmacie vétérinaire.

Conjointement avec les ministères chargés de la santé et de la consommation, elle élabore la législation et la réglementation relatives à la sécurité sanitaire des produits agricoles et des aliments.

Elle élabore, dans les mêmes conditions, les règles relatives à l'hygiène de leurs conditions de production, transformation, transport, stockage et distribution, y compris dans les lieux de consommation collective. Elle veille à l'application de ces dispositifs, tant à la production que dans les circuits commerciaux ou dans les lieux de consommation collective.

Elle participe à la définition des réglementations, des normes et prescriptions relatives à la production, à la préparation et à la présentation des produits agricoles et alimentaires, et, pour ce qui la concerne, elle veille à la mise en oeuvre de leur contrôle et de leur application.

Elle définit la répartition des moyens humains et financiers alloués pour le fonctionnement des services vétérinaires.

Elle coordonne les contrôles relevant du ministère de l'agriculture et de la pêche en matière de qualité des produits agricoles et des aliments.

Elle anime le réseau des laboratoires publics ou privés agréés ou reconnus pour réaliser les analyses dans le cadre des contrôles officiels ou des auto-contrôles.

Elle assure le secrétariat du Conseil national de l'alimentation.

Elle exerce pour le compte du ministère de l'agriculture et de la pêche la tutelle de l'Agence française de sécurité sanitaire des aliments.