La mission fait connaître son avis par des notes et rapports adressés aux ministres chargés de l'économie, du budget et des transports, ainsi qu'à la direction de l'établissement public.
En particulier, la mission formule un avis écrit sur toutes les propositions soumises au conseil d'administration de RFF, relatives au budget d'exploitation, au budget d'investissement, aux comptes de l'exercice, ainsi qu'aux projets particuliers d'investissement soumis à approbation ministérielle.