La mission est chargée d'un rôle d'information, de conseil et de contrôle en matière économique et financière auprès de l'établissement public et de ses filiales.
Elle peut se faire assister par des personnes ou des organismes extérieurs, spécialisés dans les techniques de contrôle et d'évaluation. Elle recueille préalablement l'avis des ministres chargés de l'économie, du budget et des transports.