Le directeur de l'établissement est nommé par arrêté du ministre chargé de l'urbanisme, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'outre-mer après consultation du préfet et du conseil d'administration. Les fonctions de directeur sont imcompatibles avec celles de membre du conseil d'administration.

Le directeur est chargé de l'instruction des affaires qui sont de la compétence de l'établissement. Il prépare et exécute les décisions du conseil d'administration. En particulier, il prépare et présente le programme pluriannuel et les programmes annuels d'activité. Il prépare et présente le budget. Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'établissement. Il gère l'établissement, a compétence pour agir en justice au nom de celui-ci, passe les contrats, les marchés, les actes d'aliénation, d'acquisition ou de location. Il a autorité sur le personnel et sur les services.