Le centre de documentation pédagogique est dirigé par un directeur chargé de préparer et d'exécuter les délibérations du conseil d'administration et d'assurer le fonctionnement des services.
Le directeur représente le centre en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il est ordonnateur des dépenses et des recettes de l'établissement.
Le directeur du centre de documentation pédagogique de Nouvelle-Calédonie est nommé, pour une durée de trois ans renouvelable, après avis du ministre chargé des départements et territoires d'outre-mer, par le ministre chargé de l'éducation sur une liste de trois noms proposée par le directeur général du centre national après avis du vice-recteur, conformément aux dispositions du décret du 2 octobre 1992 susvisé qui sont applicables en Nouvelle-Calédonie.