Les fonds de l'Ecole polytechnique sont déposés au Trésor public. Sauf décision contraire du ministre chargé de l'économie, ils ne sont pas productifs d'intérêts.
Des fonds peuvent être déposés, sur dérogation accordée par le ministre chargé du budget, auprès de la Banque de France ou d'un établissement financier agréé.